Od 1. ledna 2007 dojde ve všech zemích Evropské unie ke sjednocení minimální výše veterinárních poplatků za inspekci těl jatečných zvířat na jatkách a za inspekci masa na bourárnách. Vyplývá to z příslušných ustanovení a přílohy č. IV Nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 882/2004, o úředních kontrolách za účelem ověření dodržování právních předpisů týkajících se krmiv a potravin a pravidel o zdraví zvířat a dobrých životních podmínkách zvířat.

Nová právní úprava již nerozlišuje dvojí náhrady nákladů – tedy náhrady za veterinární prohlídku jatečných zvířat a masa a náhrady za sledování přítomnosti některých látek a jejich reziduí u zvířat a v jejich produktech. V jedné sazbě tak budou zahrnuty náklady na veškeré tyto druhy úředních kontrol.

Zavedení těchto poplatků ve stanovené minimální výši bude mít v ČR hlavní dopad na zpoplatnění inspekce těl jatečného skotu a jatečných prasat. Například v případě jatečného skotu dojde k navýšení poplatku za vyšetření každého jednoho kusu dospělého skotu ze současných 83 na 141 Kč za kus. Zrušen bude pouze poplatek za sledování reziduí v mase, a to ve výši 1,25 Kč za každou započatou tunu JUT získanou na jatkách. Vzhledem k počtu kusů těchto druhů jatečných zvířat, která jsou v ČR ročně poražena, se dá předpokládat, že se náklady na inspekci těl jatečného skotu a prasat na jatkách v roce 2007 zvýší o přibližně 30 milionů korun, ze současných cca 120 na možných 150 milionů korun.

V současné době však Ministerstvo zemědělství ČR připravuje změny vyhlášky č. 374/2003 Sb., o náhradě nákladů spojených s výkonem veterinární prohlídky jatečných zvířat a masa a s vyšetřením a posouzením živočišných produktů, v platném znění. Návrh této vyhlášky přitom předpokládá zvýšení uvedených minimálních sazeb na dvojnásobek, bude-li veterinární prohlídka jatečných zvířat a masa prováděna v pracovní dny v době mezi 18. až 6. hodinou, v sobotu, neděli nebo ve svátek, anebo v jiné době než v provozní době jatek, stanovené jejich provozním a sanitačním řádem, popřípadě (jde-li o jatky s malou kapacitou) v jiné době než ve stanovených porážecích dnech a hodinách. Navrhovatel vyhlášky (MZe ČR, resp. SVS ČR) zdůvodňuje zvýšení výše náhrady na dvojnásobek v uvedených případech tím, že chce docílit, aby tyto případy byly výjimečné a podnikatelé tohoto způsobu úředních kontrol příliš nevyužívali, neboť při něm vznikají vícenáklady orgánům veterinární správy za přesčasovou práci, práci o sobotách, nedělích a ve svátek na platy jejich pracovníků, pojištění, daň a cestovné.

Potravinářská komora ČR a Český svaz zpracovatelů masa se ovšem domnívají, že je nutné udržet výši veterinárních poplatků na úrovni minimálních sazeb stanovených Nařízením Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 882/2004. Jedině tak bude možné zajistit konkurenceschopnost jatečného a zpracovatelského sektoru v ČR a minimalizovat dopady těchto legislativních úprav na realizační cenu hovězího a vepřového masa. Návrh změn vyhlášky č. 374/2003 Sb. totiž nevychází z požadavků předpisů ES a proto by v případě uvedení v platnost nadměrně zatěžoval pouze provozovatele jatek a bouráren na území ČR. Tato úprava by navíc odrazovala provozovatele jatek a bouráren od činnosti, která vyplývá z požadavků obchodu (spotřebitelů) na maximální čerstvost masa. Zajišťování dodávek čerstvého masa do tržní sítě je ze strany ČSZM pokládáno za pozitivní činnost, pro kterou by ze strany kontrolních orgánů měly být vytvořeny potřebné předpoklady, nikoliv překážky. Přitom k zajištění dodávek čerstvého masa do tržní sítě (zejména v sezónním nebo jinak exponovaném období) je provoz jatek či bouráren ve dnech pracovního klidu a mimo obvyklou pracovní dobu často jediným východiskem.